Vou tentar responder só à questão em termos da química envolvida, já que a medicina não é a minha área.

O gás das bebidas gaseificadas (incluindo a cerveja) é dóxido de carbono, que se encontra dentro das garrafas sob pressão. Quando esta é aberta, como a pressão exterior é mais baixa, formam-se as clássicas bolhas. O dióxido de carbono, em conjunto com alguns ácidos adicionados em quantidades diminutas para estabilizar o sistema, ou para outras funções, tormam a bebida ligeiramente ácida (mas menos, por exemplo, que o sumo de um limão). A possibilidade de a acidez da bebida ter algum efeito sobre os medicamentos parece-me remota, até porque no estômago a acidez é muito superior, mas claro, isto não é uma informação médica. Note que alguns medicamentos são inclusive apresentados como cápsulas efeverescentes No entanto, as bebidas gaseificadas têm em geral muito açucar e em alguns casos bastante cafeína. Por isso o seu consumo deve ser moderado e no caso de algumas pessoas, nomeadamente diabéticos, evitado.