Continuando a explicação dada anteriormente, posso complementá-la mais "bioquimicamente".
Para além das alterações nas estruturas das comunidades (aumento/diminuição ou desaparição de algumas espécies), podem-se detectar outros efeitos antes disso. Existem bioindicadores de elevada sensibilidade, que detectam efeitos negativos muito antes de se “verem” efeitos macroscópicos. Por essa razão é que se procuram espécies que sejam “sentinelas” mais precoces e nas quais se possam medir efeitos antes que seja demasiado tarde: por exemplo, o mexilhão é uma espécie utilizada para esse efeito – uma vez que se alimenta filtrando enormes quantidade de água (é um filtrador), filtra diariamente quantidades elevadíssimas de água do mar, e vai acumulando substâncias que existem na água em quantidades praticamente impossíveis de detectar.
Para medir um poluente é preciso: (i) saber que poluente é e (ii) que ele exista numa concentração suficiente para ser detectada.
Essas substâncias estão acumuladas milhares e milhares de vezes em relação à sua concentração inicial no músculo e/ou gordura do animal, e ainda por cima vão alterar diversos sistemas bioquímicos do seu organismo e que também se podem medir (citocromos P450, actividades enzimáticas diversas, etc).
Quanto mais específicos forem esses sistemas, melhor – por exemplo, alguns são mais indicadores de PAH (hidrocarbonetos aromáticos policíclicos, resultantes dos combustíveis libertados para o mar), outros indicam que há substâncias oxidantes, etc, etc …